Il Convento
La Chiesa antica

La presenza dei Frati Minori Cappuccini a San Giovanni Rotondo risale al 1540, anno in cui, un benefattore del posto (Orazio Antonio Landi) mise a disposizione del nascente ordine dei Cappuccini un piccolo lotto di terra con  un pagliericcio. La piccola croce, tutt'oggi presente sul sagrato della Chiesa Antica, testimonia questa presenza fin da quell'anno. Nella Chiesa Antica san Pio svolge la maggior parte del suo ministero sacerdotale. Qui celebra l'Eucarestia, il mattino molto presto, e amministra i sacramenti, in particolare quello della confessione. 
Proprio perché questa particolare missione del suo ministero, quella di confessore, diventa caratterizzante di tutto l'operato del santo del Gargano, in questo luogo, a partire dall'anno 2002, è possibile, per che vi si reca come pellegrino, lucrare l'indulgenza plenaria. 

All'interno della Chiesa si conserva inoltre l'icona della Madonna delle Grazie, a cui, non solo san Pio, ma tutta la popolazione locale, è particolarmente devota.